Chapter 2 Data

• Step1: 10X 单细胞文库数据使用 Cell Ranger 分析 fastq 文件
• Step2: Seurat 等R包分析 Cell Ranger output 文件

2.1 Cell Ranger

• 运行 Cell Ranger: 超算上运行下面的脚本
• 脚本需根据实际情况加以修改，详见 Cell Ranger 官网和所用超算用户手册
• cellranger count tutorial

prebuilt human reference transcriptome

wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz
tar -zxvf refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz

Cell Ranger codes

#!/bin/bash
#SBATCH -p CPU # partition (squeue)
#SBATCH --job-name=Proj
#SBATCH -n 40
#SBATCH -t 7-00:00 # time (D-HH:MM)
#SBATCH -o scell.%N.%A_%a.out # STDOUT
#SBATCH -e scell.%N.%A_%a.err # STDERR
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notifications for job
#SBATCH --mail-user=XX@xx.com # send-to address

fq_path=${your_fq_path}
index_path_exp=${your_index_path_exp}

# 分析单细胞表达谱数据
cellranger count \
  --id=scRNA_sample \
  --fastqs=${fq_path}/scRNA_sample \
  --sample=scRNA_sample \
  --transcriptome=${index_path_exp}

# 分析V(D)J测序数据
cellranger vdj \
  --id=scBCR_sample \
  --fastqs=${fq_path}/scBCR_sample \
  --sample=scBCR_sample \
  --reference=${index_path_vdj} 

cellranger vdj \
  --id=scTCR_sample \
  --fastqs=${fq_path}/scTCR_sample \
  --sample=scTCR_sample \
  --reference=${index_path_vdj} 

2.2 Sample

本教程直接提供 Cell Ranger 预处理后的文件：

• CTRL_BM: 单样本，正常人骨髓单个核细胞（BMMC）单细胞文库
• BALL_BM: 单样本，急性B淋巴细胞白血病骨髓单个核细胞（BMMC）单细胞文库

list.files("./data/CTRL_BM/")
# "barcodes.tsv.gz" "features.tsv.gz" "matrix.mtx.gz"
list.files("./data/BALL_BM/")
# "barcodes.tsv.gz" "features.tsv.gz" "matrix.mtx.gz"